Chlor zabija większość mikroorganizmów. Jego działanie przeciwbakteryjne związane jest zarówno z działaniem samego pierwiastka, jak i jonów kwasu podchlorawego, który powstaje w wodnych roztworach, chloru. Działanie w pH 6,0 jest 10-krotnie silniejsze niż w pH 9,0, Mało, wrażliwe na działanie chloru są prątki kwasooporne: dla ich zabicia konieczne są stężenia około 10 razy większe niż dla zabicia większości bakterii. Chlor działa również wiruso- i pierwotniakobójczo. Obecność substancji organicznych osłabia znacznie jego działanie. Wolny chlor nie jest używany w medycynie, znajduje natomiast powszechne zastosowanie do uzdatniania wody wodociągowej. Niezbędny dodatek chloru zależy od zawartości związków organicznych w wodzie; stąd, gdy stan wód gruntowych jest niski i zanieczyszczeń w wodzie więcej, należy dodawać więcej chloru. Związki, uwalniające stopniowo wolny chlor lub kwas podchlorawy, mogą być traktowane jako jego nośniki. Znajdują one zastosowanie głównie jako środki do odkażania wody, przedmiotów, pomieszczeń i urządzeń sanitarnych. Związki te, zwłaszcza nieorganiczne często uszkadzają silnie tkanki. Podchloryn wapniowy (Calcium hypochlorosum) i sodowy (Natrium hypochlorosum) uwalniają chlor pod wpływem nawet niewielkich stężeń dwutlenku węgla. Wapno chlorowane (mieszanina podchlorynu wapniowego i wodorotlenku wapniowego) stosowane jest do odkażania urządzeń sanitarnych, odchodów, zakażonego materiału.